Windows Media Player non è in grado di gestire tutti i tipi di file. Se si copiano i CD con un tipo di file/codec non gestito da Windows Media Player, per esempio FLAC, non si potrà riprodurlo. WMP11 non gestisce i formati nativi AAC/AAC+; WMP12, al contrario, ha inserito la gestione dei formati AAC/AAC+. I formati più comunemente utilizzati solo WAV (non compressi) ed MP3.